琼海有悠久的历史。西汉属珠崖郡玳瑁县，初元三年（前46）属朱卢县，建武十九年（43）改属珠崖县。三国属珠崖郡朱卢县。晋属合浦郡玳瑁县。南北朝宋、齐、梁、陈先后分属越州、崖州、珠崖郡的朱卢县、珠崖县。隋属珠崖郡颜卢县。唐贞观十三年（639）属容琼县。唐显庆五年（660），析容琼县置乐会县，治黎黑村（今长坡镇烟塘墟），隶琼州。宋大观三年（1109），乐会县改属万安军。政和元年（1111），乐会县复属琼州。元至元二十九年（1292），析乐会县西北境新附的519个黎族峒寨的二万余户黎族人口置会同县，属琼州路军民安抚司。明洪武元年（1368），会同、乐会2县属琼州府。三年（1370），琼州升为府。1912年会同、乐会2县属琼崖道。1914年，因与湖南省辰沅道会同县同名，会同县改名琼东县。

1950年4月，琼东、乐会2县解放，属海南军政委员会。1951年4月，属广东省人民政府海南行政公署。1958年12月，琼东、乐会、万宁（北部地区）3县合并为琼海县。1959年11月，万宁县析出复置。1968年4月，属海南行政区革命委员会。1980年1月，改属海南行政区公署。1984年5月，改属海南行政区。1988年4月，直属海南省。1991年为琼海县，隶属于海南省。1992年11月6日，经国务院批准撤县设市（县级市），为海南省管辖县级市。至今不变。