《琼海市水路客运船舶停靠站点暂行管理办法》共五章三十七条，主要内容如下：

第一章总则，包括第一条至第四条，主要规定了制定目的、适用范围、主管部门和管理部门以及各自部门职责等。

第二章停靠站点选址和建设，包括第五条至第十七条，主要规定了停靠站点选址规划、选址要求、选址程序、选址管理要求、选址建设程序及安全环保要求、验收规定等内容。

第三章停靠站点管理和运营，包括第十八至第二十九条，主要规定了停靠站点使用、设施变更、制度和人员、运营的条件和程序等内容。

第四章停靠站点安全和监督，包括第三十条至第三十四条，主要规定了停靠站点所有人或管理人主体责任、应急管理、禁止事项、相关部门安全监督职责等。

第五章附则，包括第三十五条和第三十七条，主要规定了该办法的不适用范围和实施日期。