1927年4月12日，蒋介石背叛革命，到处疯狂抓捕共产党人，轰轰烈烈的大革命遭到失败。在琼崖四二二反革命事变前夕，王文明率领地委机关从海口撤到乐会县第四区（今琼海市阳江镇），开辟农村革命根据地，开展革命武装斗争。6月，在中共广东省委特派员杨善集指导下，琼崖地委书记王文明主持召开琼崖地委紧急会议，会议将琼崖地委改为琼崖特委，并成立琼崖肃清反革命委员会。王文明任特委常委兼肃反委员会主席。9月23日，为了响应党中央八七会议武装反击国民党反动派号召，王文明和杨善集分别率领定安、琼山、乐会（今琼海）、万宁四县讨逆革命军在嘉积镇外围椰子寨打响了全琼武装总暴动第一枪，首战告捷。宣告了琼崖人民军队诞生，开启了二十三年红旗不倒的光辉征程。11月，琼崖特委第一次扩大会议在白水磉村冯氏祠堂召开，王文明当选为琼崖特委书记，并兼任琼崖工农革命军党代表。这次会议，是琼崖第一次土地革命高潮的起点。1927年12月，在王文明和琼崖特委的领导下，以乐四区为中心的琼崖革命根据地形成。根据地广泛开展土地革命，打土豪、分田地，进行政治、经济、文化各方面建设。

1928年3月中旬，国民党蔡廷锴部第十师对琼崖苏区及红军进行第一次反革命围剿，王文明率领红军开展英勇顽强的反围剿斗争。不久，国民党反动派大兵压境，红军撤退到中平仔，打退了敌人几次进犯，创造了“荔枝炮”打败洋机关枪的战例。8月，琼崖苏维埃政府成立，王文明任主席。11月下旬，形势恶化，王文明带领130余名红军及琼苏政府机关、工作人员共600多人转移到母瑞山，开辟母瑞山革命根据地，保存革命火种。

1929年春夏之交，蔡廷锴部调离琼崖，王文明不失时机地恢复了各级党组织和政权，红军力量不断发展，在母瑞山上建立红军独立团。1929年2月、7月，在海口的琼崖特委机关两次被敌人破坏，特委主要领导相继牺牲。在此生死存亡关头，8月中旬，王文明抱病在内洞山主持召开琼崖各县代表联席会议，重建琼崖特委领导核心，被选为琼崖特委书记，抱病坚持工作，并委托冯白驹主持特委日常工作。

1930年1月17日，36岁的王文明在母瑞山病逝。琼崖和乐会苏维埃政府分别发布告群众书，高度评价王文明为琼崖人民的解放事业而英勇奋斗的光辉一生。中共海南省委党史研究室编纂的《中国共产党海南历史》第一卷指出：“王文明探索中国革命道路的实践，丰富了以毛泽东为代表的中国共产党人开辟的‘农村包围城市，武装夺取政权’的中国革命道路内容，为人民革命事业立下了不可磨灭的功勋。”